О пользе прототипов некогда писал менеджер проектов нашей компании Петр Макаров (статья здесь http://intecco.ru/blog/o-polze-prototipa). Вообще, об этом написано много умных статей. (например, эта. http://www.amazedev.com/prototipirovanie-web-proekto...).

Вопрос: вы как разработчики сайтов пользуетесь прототипами? Какова их польза именно для вас? В чем их несовершенство?

Прототип это что? Библиотека для js?

Прототип - это модель будущего сайта, которая позволяет протестировать юзабилити сайта и согласовать с заказчиком функционал проекта, разметку страниц, походить по ссылкам, увидеть как проект будет работать вживую еще на этапе его проектирования. Количество правок на последующих этапах значительно сокращается.

Axure - одна их лучших программ для этих целей.
http://axure.com - сайт программы